A、蛋白酶在蛋白质的水解中破坏了蛋白质的部分肽键，A错误；
B、蛋白酶在蛋白质的水解中破坏了蛋白质的空间结构，B正确；
C、酶具有专一性，蛋白酶在蛋白质的水解过程中破坏蛋白质的部分肽键，不破坏组成蛋白质的氨基酸，C错误；
D、蛋白质没有双螺旋结构，D错误．
故选：B．