有弱作用力,包括疏水作用,范德华作用力,氢键和荷电基团相互作用,还有就是共价键作用,就是肽键和二硫键及部分金属键.一级结构主要是肽键连接的氨基酸序列,二级结构除了肽键还有以氢键为主的弱作用力,他的螺旋由氢键维持,三级结构则主要靠疏水作用力维持,还可能有二硫键的,如胰岛素（尚有争议,有人认为是四级结构）,四级结构也主要由疏水作用力将亚基聚合在一起,以上所有结构中的作用力,肽键自然是必须的,但弱作用力也都涉及到,只是有主次之分.
至于上面提到的金属键则肯能出现在三级结构中,因为残基数量较少,蛋白质不能稳定存在,可有部分金属离子来作为配体使他稳定,如ferredoxin