酵母菌细胞核与细胞质有明显的分化,个体直径比细菌大几倍到十几倍.比细菌大而厚.繁殖方式也较复杂,无性繁殖主要是出芽生殖.细菌的细胞核与细胞质无明显区分,且主要是分裂生殖.
酵母菌一般呈球形、卵圆形或柱形,大多数酵母菌菌落呈圆形.
细菌有球形、杆形、链形等.
细菌可有鞭毛等附属结构,而酵母菌没有.