简单说,两者都是寻求用科学的研究方法：“逻辑推理、提出假设、设计并实施实验、根据结果分析假设是否成立.”,两者都是在研究外界刺激对人或动物行为的影响.
区别在于行为主义更加注重对看得见、摸得着的刺激-反应之间建立联系.换句话说,刺激是因,反应是果.比如给狼吃有毒的羊肉汉堡,让它们觉得中毒、恶心、吐,以后这些狼就不会再去吃羊.这里就是给狼建立了吃羊肉-呕吐的连结.
而认知理论更加注重思维、或是说人脑对刺激的加工.换句话说人或动物是有选择性的对外界刺激作出不同的反应.这里的优点就是可以去解释更多的问题,但缺点就是理论的不确定性,或是说支撑理论的内在机制并不是很稳定.