传统方法包括蒸馏,萃取,重结晶,柱层析,仪器方法（制备级别的液相色谱）
另外在分离一些天然有机化合物的时候
还可能用到排阻色谱,葡聚糖凝胶柱分离,离子交换色谱等
用于大分子的分离会用到高速离心,凝胶电泳（分离蛋白质等常用）,超滤/纳滤（用于药物分子的预处理）等等