A、纯合体由两个基因型相同的雌性配子所结合而成的合子发育而成的生物个体，A正确；
B、自交的个体雌性基因型是相同的，所以纯合子自交后代都是纯合子，比如AA，它是纯合子，那么它要自交，就一定是与它相同的基因型自交，后代就只有AA，B正确；
C、纯合子杂交后代不一定是一定是纯合体，如纯合子AA与纯合子aa杂交，后代全部是杂合子Aa，C错误；
D、纯合体由两个基因型相同的雌性配子所结合而成的合子发育而成的生物个体，纯合子控制每对性状的基因均是相同基因而没有等位基因，如AA或aa，D正确．
故选：C．