A、水乳交融的过程中没有新物质生成，属于物理变化；
B、水落石出的过程中没有新物质生成，属于物理变化；
C、雨水在下落过程中溶解了空气中的二氧化碳生成了碳酸，碳酸和碳酸钙反应生成可溶性的碳酸氢钙，导致石头慢慢会磨穿，属于化学变化；
D、滴水成冰的过程中没有新物质生成，属于物理变化．
故选C．