A、无籽西瓜是采用多倍体育种方法培育形成的，A错误；
B、高产青霉菌是采用诱变育种方法培育形成的，B错误；
C、无子番茄是用一定浓度生长素类似物处理得到的，C错误；
D、超级绵羊与抗虫棉都是通过基因工程方法培育成功的，D正确．
故选：D．