发酵的概念在不同的条件下有不同的含义.这里面有一个发酵概念的发展历程问题.最初的发酵指的是微生物在缺氧条件进行的厌氧呼吸,但是随着学科的发展,发酵逐渐涵盖了有氧,称有氧发酵.但是今天指的发酵是：利用生物细胞的生长代谢功能生产出有价值的产品来（大概念）.从小的方面说,利用细胞产生的酶作用于基质形成新的产物的过程就是发酵,例如酵母利用糖类产酒精（无氧发酵）,腐乳发酵时微生物利用蛋白酶将蛋白质和其他基质分解为氨基酸和其他小分子物质（同事会生成很多物质）；细菌利用葡萄糖生产氨基酸（有氧发酵）,霉菌放线菌利用糖类生产抗生素（有氧发酵）这都是发酵过程；甚至发酵也可以包括单纯的细胞生长,如利用基质生产菌体细胞蛋白（有氧发酵）.