A、酶是活细胞产生的具有催化作用的有机物，绝大多数酶是蛋白质，极少数酶是RNA，A错误；
B、麦芽糖酶的化学本质是蛋白质，可被蛋白酶水解，B正确；
C、线粒体中不含有催化葡萄糖分解的酶，因此线粒体不能直接将葡萄糖氧化分解，C错误；
D、酶能降低化学反应的活化能，D错误．
故选：B．