A、蛋白酶是一种蛋白质，A正确；
B、蛋白酶可以作为药品治疗某些疾病，比如消化不良等，B正确；
C、蛋白酶主要是破坏蛋白质的空间结构，形成多肽，不能水解所有的肽键，C错误；
D、利用酶工程可以提高蛋白酶的稳定性，固定化酶比液体的稳定性高，D正确．
故选：C．