真是个发人深思的问题...我在这里教给你一个解决问题的方法,估计问不到理想答案.
这样考虑：有没有绝对的利用无机氮化物而不利用有机氮的微生物如细菌呢?比如固氮菌,硝化细菌、亚硝化细菌等等.这需要你自己查查资料.
如果这些菌里面是专性无机氮营养类型的,那么他们就不利用蛋白质作为氮源,如果是兼性的就能利用蛋白质作氮源.我个人笨想,既然生命都是节约的或者懒惰的.有现成的有机物干嘛要费劲儿（花费能量）去自己同化无机氮化物呢?所以我倾向于相信所有微生物都能利用蛋白质.
愿你从中学到点儿什么,而不仅仅是答案.祝好!