在94度时,所有双链都是解离状态,自由碰撞.由于温度过高,及时互补链相遇,也无法形成氢键.
当温度向55度降低时,互补链形成氢键的几率逐渐增大,由于引物的浓度大大超过以扩增的互补链,所以引物和互补链的结合开始增多,温度降低到引物的TM温度时,理论上已经有一般的互补链已经和引物结合了.降到55度时,结合基本完成,Taq酶也到位.
温度升到72度后,Taq获得最适温度,活性增高,开始合成新链.再次升高温度时,根据模板的长短,如果是原始的模板,taq酶还正在合成新链,合成被打断.如果模板是新合成的,比较短,这时taq已经到了新合成连的末端,并且给末端加了个核苷酸-A.
这个也就是为什么PCR产物其实是粘性末端：
XXXXXXXXXXXX-A
A-XXXXXXXXXXXX
上面一条是5‘-3’,下面是互补 （示意图）